Le cartelle speciali sono:

cgi-bin (permessi di lettura e esecuzione): Questa cartella può contenere file che necessitino di permessi di esecuzione, come cgi (scritti in Perl) ed alcuni file Php. Non ha i permessi di scrittura, ma i files al suo interno sono raggiungibili via browser.

mdb-database (permessi di lettura, scrittura, non download): Questa cartella deve contenere i database: non è raggiungibile via browser quindi le pagine eventualmente messe al suo interno non saranno raggiungibili ed, allo stesso modo, i database contenuti al suo interno non saranno scaricabili.

Public: (permessi di lettura e scrittura e download): Questa cartella deve contenere tutti i files sui quali è necessario scrivere, fare operazioni di manipolazione via script, creazione di files on-the-fly tramite i linguaggi supportati: forum, guestbook, contatori e simili che utilizzino file testuali da modificare vanno inseriti in questa cartella, o sottocartelle, oppure l'output in scrittura va indirizzato verso questa cartella.
Tutte le cartelle speciali consentono l'ereditarietà dei permessi alle eventuali sottocartelle in esse create via Ftp o FrontPage.