I file creati da PHP hanno come utente proprietario "nobody" invece che l'utente del proprio dominio.
Di default tali file vengono creati con permessi 777 quindi sono modificabili da tutti, e tranquillamente cancellabili via ftp.
Alcune applicazioni php impostano la "umask" (maschera di permessi di creazione di nuovi file) in modo diverso, con permessi pił restrittivi, e quindi risulta impossibile cancellarli via ftp. Ti consigliamo di controllare le applicazioni PHP che creano file perchč non impostino una umask, e quindi evitare problemi simili in futuro.