Il problema si risolve controllando e verificando con attenzione i percorsi dei file assegnati ad alcune variabili e di alcuni "include".

In alcuni casi è sufficiente inserire la path intera (assoluta) della directory o del file che genera l'errore.

Ad es: se all'interno della directory "dir" oltre agli altri file, ne ho due, uno chiamato "uno.php" e l'altro chiamato "due.php", per fare l'include di "due.php" dentro "uno.php" bisogna modificare l'include in quest'ultimo così:

include './dir/due.php';

Ciò è valido anche per i seguenti messaggi:

File(/usr/share/pear/config.php) is not within the allowed path...

Warning: main(config.php) [function.main]: failed to open stream: Operation not permitted in...

Warning: main() [function.include]: Failed opening 'config.php' for inclusion..

Error during DBMS connection: Access denied for user...